Ένα από τα μεγάλα έργα του Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου Β' είναι η Θεολογική Σχολή που μετρά τον 8ο χρόνο λειτουργίας της και σήμερα φοιτούν πέραν των 90 φοιτητών και φοιτητριών.
Μιλώντας στην εκπομπή Alpha Ενημέρωση ο Διευθυντής της σχολής πάτερ Κυπριανός Κουντούρης αναφέρει ότι έχουν αποφοιτήσει ήδη 55 απόφοιτοι, 8 μεταπτυχιακοί και οι υπόλοιποι προπτυχιακοί, ανάμεσα τους 16 ιερείς, 2 άτομα που έγιναν μετά κληρικοί και κάποιες γυναίκες.
Όπως λέει, οι πρώτες σκέψεις έγιναν πριν το 1974 και συγκεκριμένα το 1972 όταν ο Αρχιεπίσκοπος Μακάριος είχε θέσει τον θεμέλιο λίθο της Θεολογικής Σχολής στην περιοχή της Έγκωμης ωστόσο "τινάχτηκαν στον αέρα" λόγω του πραξικοπήματος, της εισβολής και της προσφυγιάς.
Είναι μια σχολή για να εκπαιδεύει τα στελέχη της Εκκλησίας και για τους ίδιους είναι "μια κοινότητα, μια μεγάλη οικογένεια, πατέρας όλων μας ήταν ο Μακαριστός Αρχιεπίσκοπος".
Όσον αφορά την εισδοχή φοιτητών εξήγησε ότι γίνεται με τη διαδικασία συνεντεύξεων. Οι υποψήφιοι πρέπει να έχουν βαθμό απολυτηρίου πάνω από 15 και κατά την συνέντευξη θα πρέπει να δώσουν την αίσθηση στην τριμελής επιτροπή ότι όντως πραγματικά έχουν μια εκτίμηση, μια αγάπη για την Εκκλησία και τον ενδιαφέρει να εργαστούν να υπηρετήσουν.
Τα δίδακτρα ανέρχονται σε 3,000 ευρώ ετησίως, ωστόσο υπάρχει η δυνατότητα εξασφάλισης υποτροφίας.
Σχετικά με τον θάνατο του Αρχιεπισκόπου και αν ο διάδοχος θα φέρει αλλαγές, είπε ότι ο Αρχιεπίσκοπος είναι ο Πρόεδρος του Συμβουλίου της Σχολής.
